സഭയുടെ ചരിത്രത്തില്‍തന്നെ ഏറ്റവും ഒരുക്കത്തോടെ നടന്ന ഒന്നാണ് രണ്ടാം വത്തിക്കാന്‍ കൗണ്‍സില്‍. മൂന്നു വര്‍ഷം ഒരുക്കത്തിനായി ചെലവഴിച്ചു. ദൈവശാസ്ത്രജ്ഞന്മാരും മറ്റു വിദഗ്ദ്ധരുമടങ്ങുന്ന എണ്ണൂറോളം പേര്‍ കൗണ്‍സിലിന്‍റെ അജണ്ട തയ്യാറാക്കുന്നതിനു പിന്നില്‍ പ്രവര്‍ത്തിച്ചു. കൗണ്‍സിലിന് ആവശ്യമായ ഒരുക്കത്തിന്‍റെ ഭാഗമായി വത്തിക്കാന്‍ സ്റ്റേറ്റ് സെക്രട്ടറിയായ കര്‍ദ്ദിനാള്‍ തര്‍ദീനിയുടെ അദ്ധ്യക്ഷതയില്‍ പന്ത്രണ്ടംഗങ്ങള്‍ ഉള്ള ഒരു കമ്മീഷന്‍ 1959-ലെ പന്തക്കുസ്താ ദിനത്തില്‍ നിയമിക്കപ്പെട്ടു. ഈ കമ്മീഷന്‍ കൗണ്‍സിലിനെ സംബന്ധിച്ച നിര്‍ദ്ദേശങ്ങള്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടുകൊണ്ട് എല്ലാ മെത്രാന്മാര്‍ക്കും സന്യാസസഭകളുടെ സുപ്പീരിയര്‍ ജനറല്‍മാര്‍ക്കും കത്തോലിക്കാ സര്‍വ്വകലാശാലകള്‍ക്കും കത്തുകളയച്ചു. കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ് രാജ്യങ്ങളില്‍ നിന്നൊഴികെ മറ്റെല്ലാ സ്ഥലങ്ങളിലും നിന്ന് ലഭിച്ച നിര്‍ദ്ദേശങ്ങള്‍ കമ്മീഷന്‍ ക്രോഡീകരിച്ചു.
1960-ലെ പന്തക്കുസ്താ തിരുനാളില്‍ കൗണ്‍സിലിന്‍റെ പ്രാരംഭപ്രവര്‍ത്തനങ്ങള്‍ക്കായി പത്തു കമ്മീഷനുകളും മൂന്നു കാര്യാലയങ്ങളും സ്ഥാപിച്ചു. കൂടാതെ എല്ലാ കമ്മീഷനുകളുടെയും കാര്യാലയങ്ങളുടെയും പ്രവര്‍ത്തനങ്ങളെ നിയന്ത്രിക്കുന്ന ഒരു കേന്ദ്രക്കമ്മിറ്റിയും സ്ഥാപിതമായി. മാര്‍പാപ്പ തന്നെയായിരുന്നു കേന്ദ്രക്കമ്മിറ്റിയുടെ അദ്ധ്യക്ഷന്‍. ലോകത്തിന്‍റെ വിവിധ ഭാഗങ്ങളെ പ്രതിനിധാനം ചെയ്ത് കര്‍ദ്ദിനാള്‍മാരും മെത്രാന്മാരും സന്യാസസഭകളുടെ സുപ്പീരിയര്‍ ജനറല്‍മാരും ഉള്‍പ്പെടെ 90 അംഗങ്ങളാണ് ഈ കമ്മിറ്റിയില്‍ ഉണ്ടായിരുന്നത്. ഭാരതത്തില്‍ നിന്ന് കര്‍ദ്ദിനാള്‍ വലേരിയന്‍ ഗ്രേഷ്യസ് ഈ കമ്മിറ്റിയില്‍ അംഗമായിരുന്നു.
ദൈവശാസ്ത്ര കമ്മീഷന്‍, പൗരസ്ത്യ സഭാ കാര്യങ്ങള്‍ക്കായുള്ള കമ്മീഷന്‍, അല്‍മായ പ്രേഷിതത്വത്തിനുള്ള കമ്മീഷന്‍, മിഷന്‍ കാര്യങ്ങള്‍ക്കായുള്ള കമ്മീഷന്‍, വൈദികര്‍ക്കും അല്മായര്‍ക്കും വേണ്ടിയുള്ള കമ്മീഷന്‍, കൂദാശകള്‍ക്കായുള്ള കമ്മീഷന്‍, ആരാധനാക്രമങ്ങള്‍ക്കുള്ള കമ്മീഷന്‍, വിദ്യാഭ്യാസ സ്ഥാപനങ്ങളെയും സെമിനാരികളെയും സംബന്ധിച്ച കമ്മീഷന്‍, മെത്രാന്മാരെയും രൂപതാഭരണത്തെയും സംബന്ധിച്ച കമ്മീഷന്‍, കര്‍മ്മാനുഷ്ഠാനങ്ങളെപ്പറ്റിയുള്ള കമ്മീഷന്‍ എന്നിവയായിരുന്നു കമ്മീഷനുകള്‍. സഭൈക്യത്തിനുള്ള കാര്യാലയം; പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങള്‍, റേഡിയോ, ടെലിവിഷന്‍ എന്നിവയെപ്പറ്റിയുള്ള കാര്യാലയം; സാമ്പത്തിക കാര്യാലയം എന്നിവയായിരുന്നു മൂന്ന് കാര്യാലയങ്ങള്‍.
ഭാരതത്തില്‍നിന്ന് എട്ടുപേര്‍ കൗണ്‍സിലിന്‍റെ വിവിധകമ്മീഷനുകളില്‍ അംഗങ്ങളായിരുന്നു. പൗരസ്ത്യസഭകള്‍ക്കുവേണ്ടിയുള്ള കമ്മീഷനില്‍ മാര്‍ പാറേക്കാട്ടില്‍, മാര്‍ കാവുകാട്ട്, ബെനഡിക്ട് മാര്‍ ഗ്രിഗോറിയസ് എന്നിവര്‍ അംഗങ്ങളായിരുന്നു. ആര്‍ച്ച്ബിഷപ്പ് കെര്‍ക്കെട്ട, ബിഷപ് സെവ്റിന്‍ എന്നിവര്‍ മിഷനുവേണ്ടിയുള്ള കമ്മീഷനില്‍ അംഗങ്ങളായിരുന്നു. മാര്‍ വള്ളോപ്പിള്ളി അല്മായപ്രേഷിതത്വത്തിന്‍റെ കമ്മീഷനില്‍ അംഗമായിരുന്നു.
വിവിധ കമ്മീഷനുകളുടെ മേല്‍നോട്ടത്തില്‍ 71 കരടുരേഖകള്‍ തയ്യാറാക്കപ്പെട്ടു. കൗണ്‍സിലിന്‍റെ ഒന്നാമത്തെ സമ്മേളനം കഴിഞ്ഞതോടെ ഈ 71 കരടുരേഖകളെ 17 രേഖകളായി ക്രോഡീകരിച്ചു. ഇതാണ് കൗണ്‍സില്‍ അവസാനിച്ചപ്പോള്‍ 16 രേഖകളായി പ്രഖ്യാപിച്ച് പരസ്യപ്പെടുത്തിയത്. കൗണ്‍സിലിന്‍റെ തയ്യാറെടുപ്പ് കാലത്ത് ചിന്തിക്കാതിരുന്ന പുതിയ കരടുരേഖഖളും ഇതില്‍ ഉള്‍പ്പെട്ടിരുന്നു.
